La storia di Nin è antichissima: l'isolotto del centro storico era abitato probabilmente fin dall'epoca preistorica.

Quando i Romani conquistarono la Dalmazia, la città divenne conosciuta col nome di Aenona e fu dotata di un foro, un anfiteatro, un acquedotto e un tempio che all'epoca era il più grande in terra dalmata. Apprezzati dai romani erano i fanghi curativi che si trovavano nei pressi della città.

La Nin romana fu distrutta nel VII secolo al tempo dell'avanzata avaro-slava. Nel primo medioevo la città venne rinnovata e fino al IX secolo vi ebbero sede la corte dei re croati e il vescovo croato. A quest’epoca risalgono la figura storica del vescovo Gregorio di Nin e la costruzione della chiesa di Santa Croce, una piccolissima cattedrale a croce greca triabsidata che sull'architrave reca l'iscrizione del conte croato Godeslaus.

Il 28 aprile 1646 Nin fu nuovamente rasa al suolo dai veneziani, che lasciarono bruciare la città per salvare la città di Zara dai Turchi.

Nei secoli successivi Nin non riuscì più a riprendersi e rimase una sonnolenta cittadina di provincia fino alla rivalutazione in chiave turistica degli ultimi decenni.

Nin non presenta solo una città ricca di storia, ma vi unisce la ricchezza di numerose bellezze naturali.